1、焦磷酸二乙酯（DEPC）：是一种强烈但不彻底的RNA酶抑制剂，他通过和RNA酶的活性基因团组氨酸的咪唑环结合使蛋白质变性，从而抑制酶的活性。
2、异硫氰酸胍：目前认为是最有效的RNA酶抑制剂，它在裂解组织的同时也使RNA酶失活，它既可破坏细胞结构使核酸从核蛋白中解离出来，又对RNA酶有强烈的变性作用。
3、氧钒核糖核苷复合物：由氧化钒离子和核苷形成的复合物，它和RNA酶结合形式过渡类物质，几乎能完全抑制RNA酶的活性。
4、RNA酶的蛋白质抑制剂（RNasin）：从大鼠肝或人胚盘中提取得来的酸性糖蛋白.Rnasin是RNA酶的一种非竞争性抑制剂，可以和多种RNA酶结合，使其失活。
5、其他：SDS、尿素、硅藻土等对RNA酶也有一定的抑制作用。